La máxima autoridad de la CLAC es su Asamblea General. La componen alrededor de 100 delegados de las organizaciones de pequeños productores de Comercio Justo de los diferentes países o sub regiones y de los diferentes productos dentro del sistema de Comercio Justo en América Latina y el Caribe.
Las Asamblea General se celebra cada dos años. La primera, es decir, la constitutiva, se llevó a cabo en la Ciudad de Oaxaca, Estado de Oaxaca, México, los días 11, 12 y 13 de agosto de 2004. La Segunda Asamblea General se llevará a cabo cerca de la Ciudad de Santo Domingo, República Dominicana, los días 26, 27 y 28 de octubre de 2006.

La Tercera Asamblea General se llevará a cabo en la ciudad de la Antigua Guatemala, Guatemala, los días 28 y 29 de octubre de 2008.